EDITAR

Resulta que estaba ladrando el árbol equivocado al intentar editar .htaccess, ya que nginx no lo usa. Lo que aparentemente necesito hacer es editar mi archivo .conf. Antes de leer esto, my_app.conf tenía este aspecto:

upstream backend {
    server unix:/u/apps/my_app/tmp/php.sock;
}

server {

    listen 80 default;
    root /u/apps/my_app/www;
    index index.php;

    access_log /u/apps/my_app/logs/access.log;
    error_log /u/apps/my_app/logs/error.log;

    location / {
        try_files $uri $uri/ /index.php;
    }

    # This location block matches anything ending in .php and sends it to
    # our PHP-FPM socket, defined in the upstream block above.
    location ~ \.php$ {
        try_files $uri =404;
        fastcgi_pass backend;
        fastcgi_index index.php;
        fastcgi_param SCRIPT_FILENAME /u/apps/my_app/www$fastcgi_script_name;
        include fastcgi_params;
    }

    # This location block is used to view PHP-FPM stats
    location ~ ^/(php_status|php_ping)$ {
        fastcgi_pass backend;
        fastcgi_param SCRIPT_FILENAME $fastcgi_script_name;
        include fastcgi_params;
        allow 127.0.0.1;
        deny all;
    }

    # This location block is used to view nginx stats
    location /nginx_status {
        stub_status on;
        access_log off;
        allow 127.0.0.1;
        deny all;
    }
}

Ahora se ve así, y aún no funciona:

upstream backend {
    server unix:/u/apps/my_app/tmp/php.sock;
}

server {

    listen 80 default;
    root /u/apps/my_app/www;
    index index.php;

    access_log /u/apps/my_app/logs/access.log;
    error_log /u/apps/my_app/logs/error.log;

    location / {
        try_files $uri $uri/ /index.php;
    }

    location /wordpress/ {
        try_files $uri $uri/ /index.php?$args;
    }

    rewrite /wp-admin$ $scheme://$host$uri/ permanent;

    location ~* ^.+\.(ogg|ogv|svg|svgz|eot|otf|woff|mp4|ttf|rss|atom|jpg|jpeg|gif|png|ico|zip|tgz|gz|rar|bz2    |doc|xls|exe|ppt|tar|mid|midi|wav|bmp|rtf)$ {
       access_log off; log_not_found off; expires max;
    }

    # Uncomment one of the lines below for the appropriate caching plugin (if used).
    #include global/wordpress-wp-super-cache.conf;
    #include global/wordpress-w3-total-cache.conf;

    # This location block matches anything ending in .php and sends it to
    # our PHP-FPM socket, defined in the upstream block above.
    location ~ \.php$ {
        try_files $uri =404;
        fastcgi_pass backend;
        fastcgi_index index.php;
        fastcgi_param SCRIPT_FILENAME /u/apps/my_app/www$fastcgi_script_name;
        include fastcgi_params;
    }

    # This location block is used to view PHP-FPM stats
    location ~ ^/(php_status|php_ping)$ {
        fastcgi_pass backend;
        fastcgi_param SCRIPT_FILENAME $fastcgi_script_name;
        include fastcgi_params;
        allow 127.0.0.1;
        deny all;
    }

    # This location block is used to view nginx stats
    location /nginx_status {
        stub_status on;
        access_log off;
        allow 127.0.0.1;
        deny all;
    }
}

¿Alguien sabe lo que estoy haciendo mal?

EDITAR FINAL

He cambiado mis enlaces permanentes del valor predeterminado a /% postname% /, y ahora los enlaces dentro del panel de administración de WordPress me dan errores 404 - No páginas de WordPress 404, nginx 404 páginas. Viendo por qué se me dice que esto debería ser editar mi archivo .htaccess o decirme que WordPress no puede volver a escribir .htaccess: el archivo .htaccess no existe y WordPress no da ningún error cuando cambio los enlaces permanentes.

He intentado crear un archivo .htaccess en blanco en mi carpeta de wordpress, dándole 666 permisos, cambiando el usuario y el grupo a www-data y luego cambiando los enlaces permanentes, que no funcionaron. Luego lo cambié a esto antes de cambiar los enlaces permanentes:

# BEGIN WordPress
<IfModule mod_rewrite.c>
RewriteEngine On
RewriteBase /
RewriteRule ^index\.php$ - [L]
RewriteCond %{REQUEST_FILENAME} !-f
RewriteCond %{REQUEST_FILENAME} !-d
RewriteRule . /index.php [L]
</IfModule>
# END WordPress

Cuando eso no funcionó, cambié de RewriteBase a /wordpress/ antes de volver a cambiar los enlaces permanentes, aún nada.

También ingresé al archivo .conf de mi sitio y cambié try_files $uri $uri/ /index.php; a lo siguiente, reiniciando nginx y php5-fpm cada vez;

try_files $uri $uri/ /index.php?$query_string;

try_files $uri $uri/ /index.php?q=$request_uri;

try_files $uri $uri/ /index.php?$args;

Estoy ejecutando un servidor doméstico con nginx. ¿Alguna idea sobre lo que está pasando aquí?