agregar un filtro a functions.php de tu tema es una posibilidad:
add_filter('wp_list_categories', 'cat_count_span');
function cat_count_span($links) {
$links = str_replace('</a> (', '</a> <span>(', $links);
$links = str_replace(')', ')</span>', $links);
return $links;
}
esto agregaría los espacios a cualquier aparición de 'wp_list_categories ()' en todo el sitio.
o cambie su código en:
$args = array(
'hide_empty' => FALSE,
'title_li'=> __( '' ),
'show_count'=> 1,
'echo' => 0
);
$links = wp_list_categories($args);
$links = str_replace('</a> (', '</a> <span>(', $links);
$links = str_replace(')', ')</span>', $links);
echo $links;