No estoy seguro de si entiendo la pregunta, por lo que voy a reformularla primero, pero si lo hago, he hecho una solución para esto.
Entendiendo la pregunta como:
Si el tema está desactivado, las opciones del sitio se conservan, por lo que si se activan nuevamente, no es necesario volver a ingresarlas, pero cuando se eliminan, se eliminan por completo.
Esta no es una respuesta completa porque habla del complemento desactivado frente a los enlaces de desinstalación en lugar del tema, pero asumiendo que el tema tiene algo similar, lo que hice fue lo siguiente:
- Al desactivar, puse la configuración de opciones en una pequeña tabla de copia de seguridad.
- Al activar, verifique si existe la tabla de copia de seguridad y, de ser así, restaure la configuración de la opción desde la copia de seguridad y suelte la tabla (o simplemente busque la fila y elimine la fila). Asegúrese de nombrar la tabla para que esté claramente relacionada con el tema como las notas anteriores en woocommerce. Y siempre elimine la configuración después de usarla para asegurarse de que la configuración más reciente está disponible.
- Al eliminar, se comporta normalmente (lo que elimina de forma permanente la configuración de las opciones).
De esta manera, el usuario no tiene que rehacer la configuración de las opciones si tiene que desactivar para verificar los conflictos de complementos y temas (como lo hice recientemente con un tema Woo).