¿WordPress subdominios multisitio o subdirectorios? No estoy seguro de si estás confundiendo a los dos. Los subdominios multisitio son básicamente subdominios falsos que simplemente tienen un registro CNAME o A-Name agregado en los registros DNS.
Dicho esto, y creo que un respondedor dijo esto, solo necesitas un mapa del sitio para el dominio raíz, y luego tendrás un archivo robots.txt que instruye a los principales robots de búsqueda de tu subdominio.
Por ejemplo, tengo esto en una red de WordPress multisitio, en mi archivo robots.txt raíz:
User-agent: *
No permitir: / wp-content / plugins /
Mapa del sitio: enlace
Mapa del sitio: enlace
Mapa del sitio: enlace
Mapa del sitio: enlace
Mapa del sitio: enlace
Mapa del sitio: enlace
Mapa del sitio: enlace
Mapa del sitio: enlace
Mapa del sitio: enlace
Al acceder a las herramientas de Google / Bing Webmaster, simplemente agrego el directorio raíz, agrego el mapa del sitio raíz y dejo que los robots de los motores de búsqueda hagan el resto del trabajo.
Dentro del complemento del mapa del sitio, asegúrate de que también haga ping a los motores de búsqueda (lo que la mayoría de los complementos del mapa del sitio hacen de manera predeterminada), para que se actualicen continuamente.