Si realmente quieres usar archivos individuales para cada tipo de post-formato, puedes intentar algo como esto: (pegar en funciones.php)
function post_format_template() {
global $post;
$format = get_post_format($post->ID);
if ( is_single() && $format ) {
include('single-format-'.$format.'.php');
exit;
}
}
add_action('template_redirect', 'post_format_template',10);
Es una solución posible, pero no lo recomendaría, siempre y cuando no esté 100% seguro de lo que está haciendo resp. lo que está pasando aquí.
La respuesta de Jared es la forma recomendada de tratar con los post-formatos.