Puedes usar single_template filter hook.

/* Filter the single_template with our custom function*/
add_filter('single_template', 'my_custom_template');

function my_custom_template($single) {

    global $post;

    /* Checks for single template by post type */
    if ( $post->post_type == 'POST TYPE NAME' ) {
        if ( file_exists( PLUGIN_PATH . '/Custom_File.php' ) ) {
            return PLUGIN_PATH . '/Custom_File.php';
        }
    }

    return $single;

}

Respuesta actualizada

Versión más limpia y más corta.

function load_movie_template($template) {
    global $post;

    if ($post->post_type == "movie" && $template !== locate_template(array("single-movie.php"))){
        /* This is a "movie" post 
         * AND a 'single movie template' is not found on 
         * theme or child theme directories, so load it 
         * from our plugin directory
         */
        return plugin_dir_path( __FILE__ ) . "single-movie.php";
    }

    return $template;
}

add_filter('single_template', 'load_movie_template');

Respuesta anterior

Se agregó una verificación para una plantilla específica de tipo de publicación personalizada en la carpeta del tema para @Brainternet answer.

function load_cpt_template($template) {
    global $post;

    // Is this a "my-custom-post-type" post?
    if ($post->post_type == "my-custom-post-type"){

        //Your plugin path 
        $plugin_path = plugin_dir_path( __FILE__ );

        // The name of custom post type single template
        $template_name = 'single-my-custom-post-type.php';

        // A specific single template for my custom post type exists in theme folder? Or it also doesn't exist in my plugin?
        if($template === get_stylesheet_directory() . '/' . $template_name
            || !file_exists($plugin_path . $template_name)) {

            //Then return "single.php" or "single-my-custom-post-type.php" from theme directory.
            return $template;
        }

        // If not, return my plugin custom post type template.
        return $plugin_path . $template_name;
    }

    //This is not my custom post type, do nothing with $template
    return $template;
}
add_filter('single_template', 'load_cpt_template');

Ahora puede permitir que los usuarios del complemento copien la plantilla de su complemento a su tema para anularlo.

Con este ejemplo, las plantillas deben estar en el directorio raíz del complemento y del tema.

Me gustaría señalar que cuando está utilizando el método de filtro para esto, es extremadamente importante priorizar el filtro de la siguiente manera:

add_filter('single_template', 'my_custom_template', 99);

Si no hace esto, a veces WP intentará volver a verificar después de este filtro. Me estaba sacando el pelo debido a esto por unas 2 horas.

Lo anterior es una gran respuesta, pero la comprobación de la var $ single permite que la plantilla anule una plantilla si el tema es el tema / niño.

/* Filter the single_template with our custom function*/
add_filter('single_template', 'your_cpt_custom_template');

function your_cpt_custom_template( $single ) {
    global $wp_query, $post;
    /* Checks for single template by post type */
    if ( !$single && $post->post_type == 'cpt' ) {
        if( file_exists( plugin_dir_path( __FILE__ ) . 'single-cpt.php' ) )
            return plugin_dir_path( __FILE__ ) . 'single-cpt.php';
    }
    return $single;
}